قصه سریال «پایتخت ۶» با فوت بابا پنجعلی و اهدای اعضای بدن او آغاز می‌شود بهبود فریبا (مهران احمدی) پس از سال‌ها به ایران بازمی‌گردد اما ماجراهایی برایش پیش می‌آید که فهیمه (نسرین نصرتی) را از شوهرش دلسرد می‌کند. بهبود در این فصل به بیماری سندرم دست بی‌قرار مبتلا است. بهتاش (بهرام افشاری) که در فصل ۵ بیکار و آس و پاس بود، حالا دروازه‌بان باشگاه فوتبال نساجی مازندران شده‌است و به بازیکن فوتبال پیتر چک علاقه دارد و نقی معمولی هم سیاسی شده و راننده و محافظ شخصی نماینده مجلس است. هما، همسر نقی هم گوینده اخبار شده‌است. ارسطو با فردی به اسم کاووس ناخواسته وارد فروش مواد مخدر می‌شود و از ماشین نقی که راننده نماینده مجلس است، برای جابجایی مواد استفاده می‌کند، بهتاش هم که در پست دروازه بان برای نساجی درخشیده به پاناتینایکوس یونان می‌پیوندد. آن طرف هم رحمت با خانم بیاتی ازدواج میکند.
بعد از این اتفاقات به یک سال بعد می رود که برادر هما از نقی به جرم مبتلا کردن پدر خود به بیماری کرونا و مرگ پدرش شکایت می کند. ارسطو هم که به جرم توزیع و پخش مواد مخدر دستگیر شده بود آزاد می‌شود و به کار توزیع شلوار می زند. همچنین رحمت سه قلو دار می‌شود.